Das neue zentrale Transparenzregister dient dazu, Auskunft über die wirtschaftlich Berechtigten von Gesellschaften, Stiftungen, Trusts und vergleichbaren Gestaltungen zu geben und soll dazu beitragen, das Aufspüren von Straftätern, die ihre Identität ansonsten hinter einer Gesellschaftsstruktur verbergen können, zu ermöglichen. Der ursprüngliche Entwurf des Transparenzregister- und Finanzinformationsgesetzes sah vor, dass Vereine die Angaben zum wirtschaftlich Berechtigten gesondert an das Transparenzregister melden müssen. Hier konnten im parlamentarischen Verfahren deutliche Verbesserungen für die steuerbegünstigten Körperschaften (z. B. gemeinnützige Vereine) erreicht werden: Bayern hat sich im Gesetzgebungsverfahren erfolgreich für eine systematische Verknüpfung von bzw. Datenübernahme aus dem Vereinsregister eingesetzt, um mehrfachen Meldepflichten für Vereine entgegenzuwirken. 

Das Transparenzregister wird zum 1. Januar 2023, dem Beginn der Eintragungspflicht der Vereine, die Daten der Vereinsvorstände als fiktive wirtschaftlich Berechtigte aus dem Vereinsregister übernehmen. Eine automatische Datenübertragung vom Vereins- in das Transparenzregister wird etabliert. Auch bei der Befreiung steuerbegünstigter Körperschaften von Transparenzregistergebühren konnte eine Reihe von Erleichterungen durchgesetzt werden. Vereinigungen mussten der Bundesanzeiger Verlags GmbH als registerführenden Stelle den steuerbegünstigten Zweck im Sinne der §§ 52 bis 54 der Abgabenordnung bisher mittels einer Bescheinigung des örtlich zuständigen Finanzamts nachweisen. Zukünftig ist dieser Nachweis nicht erforderlich, wenn im Antrag die Verfolgung steuerbegünstigter Zwecke versichert und das Einverständnis darüber erklärt wird, dass die registerführende Stelle beim zuständigen Finanzamt eine Bestätigung der Verfolgung dieser steuerbegünstigten Zwecke einholen darf.

Ab dem 1. Januar 2024 entfällt die Antragstellung sogar ganz, weil dann die Bundesanzeiger Verlags GmbH aus dem (noch zu errichtenden) Zuwendungsempfängerregister beim Bundeszentralamt für Steuern herauslesen kann, ob eine Körperschaft steuerbegünstigte Zwecke verfolgt oder nicht. Ab diesem Zeitpunkt sind Vereinigungen, die im Zuwendungsempfängerregister nach § 60b der Abgabenordnung eingetragen sind, automatisch von den Gebühren befreit.